Он сосредотачивает своё внимание на темах, касающихся народного музыкального творчества, раскрывает содержание народных песен. Конечно, подобное мировоззрение должно было привести к неизбежному конфликту между Комитасом и церковью. Постепенно безразличие новых руководителей, отрицательное отношение отсталого слоя церковных деятелей, сплетни и клевета возросли настолько, что отравили жизнь композитора — человека, который остался в представлении современников как абсолютно светский человек. Конфликт настолько углубился, что Комитас отправляет письмо католикосу, умоляя освободить его и позволить спокойно жить и творить. Это прошение остается безответным, а преследование Комитаса становится ещё более явным. В 1910 году Комитас оставляет Эчмиадзин и уезжает в Константинополь. Он думал, что там он найдет такую среду, которая его поймет, защитит и поощрит его деятельность, и тут он сможет претворить свои мечты в реальность. Комитас хотел создать национальную консерваторию, с которой связывал дальнейшую музыкальную судьбу своего народа. Но композитору не удается осуществить это предприятие (впрочем, как и многие другие). Его вдохновенные идеи встречали лишь холодное безразличие местных властей.
В Константинополе Комитас организовал смешанный хор из 300 человек, назвав его «Гусан». Последний пользовался большой популярностью. В его концертной программе основное место принадлежало армянским народным песням. Комитас часто проводил свое время в поездках с докладами и лекциями, выступая в своих концертах как солист и дирижёр. Композитор превосходно владел флейтой и фортепиано. Он был одарен большой силой воздействия на своих слушателей. Искусством Комитаса были покорены известные музыканты: Венсан д’Энди, Габриэль Форе, Камиль Сен-Санс… В 1906 году после одного из концертов выдающийся французский композитор Клод Дебюсси взволновано воскликнул: «Гениальный отец Комитас! Преклоняюсь перед Вашим музыкальным гением!» И в Константинополе Комитас не нашел бескорыстных единомышленников, которые помогли бы осуществить его планы. Более того: если в Эчмиадзине он был со своим родным народом, был близок к его быту и искусству, то в Константинополе он был лишен и этого. Тем не менее, он продолжал напряженно работать. Особое внимание уделяет Комитас созданию духовных произведений. В этой сфере его шедевр — «Патараг» («Литургия»), написанный для мужского хора. Не менее важной областью было для него и музыковедение. В Париже на конференции Международного Музыкального общества он читает два доклада: «Армянская народная музыка» и «О старой и новой нотописи армянской духовной музыки», которые вызвали большой интерес среди участников конференции. Комитасу предлагается также прочесть непредвиденный в программе доклад на тему: «О времени, месте, акцентуации и ритме армянской музыки». В период I мировой войны правительство младотурков начало осуществлять свою чудовищную программу по жестокому и бесчеловечному уничтожению части армянского народа. В апреле 1915 года вместе с целым рядом выдающихся армянских писателей, публицистов, врачей, юристов был арестован и Комитас. После ареста, сопровождаемого насилием, он был сослан вглубь Анатолии, где стал свидетелем зверского уничтожения светлых умов нации. И несмотря на то, что благодаря влиятельным личностям Комитас был возвращен в Константинополь, пережитый кошмар оставил глубокий, неизгладимый отпечаток в его душе. Комитас уединился от внешнего мира, укрылся в своих мрачных и тяжелых думах — сломленный и печальный. В 1916 году здоровье Комитаса ухудшилось, и его поместили в психиатрическую клинику. Однако не было никакой надежды на выздоровление. Медицина оказалась бессильной перед губительной болезнью. Гений армянской музыки нашел свое последнее пристанище в Париже, в пригородной лечебнице Вил-Жуиф, проведя там почти 20 лет. 22 октября 1935 года прервалась жизнь Великого Комитаса. Весной 1936 года его прах был перевезен в Армению и предан земле в Ереване — в пантеоне деятелей культуры. Не менее трагической была и судьба творческого наследия Комитаса. Большинство его рукописей были уничтожены или растеряны по всему миру… «Армянский народ в песне Комитаса нашел и узнал свою душу, свое духовное „я“. Комитас Вардапет — начало, не имеющее конца. Он должен жить армянским народом, и народ должен жить им, отныне и навсегда». (Католикос всех Армян Вазген Первый)

Перед Святейшим мальчик пел.
И чистый голос возносился
Через невидимый предел —
И с неба прямо в сердце лился.

Так, может, ангелы поют
В свой самый тихий час вечерний
Про неба ласковый приют,
Даря надежду и прощенье…

А вот он — выросший, немой —
Бредёт, от ужаса шатаясь,
Струятся по земле родной
Ручьи кровавые, сплетаясь.

И бьётся крик в его ушах,
Привыкших к музыке небесной —
Еще один, последний шаг
Ко дну разверзнувшейся бездны…

В больничном платье у окна
Стоит безмолвная фигура.
И плачет тонкая струна,
Читая мрака партитуру…

Перед Святейшим мальчик пел.
Стозвонный голос возносился
Через невидимый предел —
И с неба прямо в сердце лился…

Анна Полетаева