С ослаблением Армянского царства Багратидов Джавахк в конце X -начале XI вв. вошел в состав царства грузинских Багратидов. В 1044-1047 гг. грузинский царь Баграт IV на месте слияния реки Парвана с ее притоком Карасунахпюр основал крепость Ахалкалак. Однако Джавахк недолго входил в состав царства грузинских Багратидов. В 1064 г. турки-сельджуки во главе с Алп-Асланом захватили и разграбили Ахалкалакскую крепость. С этого времени Джавахк стал постоянно подвергаться разбойничьим набегам турок-сельджуков.

Лишь в конце XII в., в период царствования грузинской царицы Тамары, в результате побед полководцев Иване и Закаре Закарянов над сельджуками, Джавахк был присоединен к Грузинскому царству. Как и остальные территории Северной Армении, Джавахк был отдан в управление представителям армянского княжеского рода Закарянов. В Джавахке правителями были назначены Саркис Тмогвеци и Шалва Торееци. В этот период крупным центром Джавахка, наряду с Ахалкалаком, становиться знаменитая крепость Тмкаберд, находящаяся на берегу Куры.

В 1266 г. правитель Тмкаберда Саркис Джахеци, пользуясь противоречиями между Грузинским царством и вторгшимися монголами, смог основать самостоятельное княжество, которое, усилившись, включало в себя территории от Ташира до Эрзерума, и было известно под именем Самцхетского атабекства. Это княжество, большую часть населения которого составляли армяне, сохраняло свою относительную самостоятельность вплотьдо 1535 г. В 1484 г. персидский шах Якуб со своими войсками вторгся на территорию княжества, разграбил и увел в плен многих жителей. В результате княжество ослабло и несмогло противостоять нападению объединенных сил грузинских царств Имеретии и Картли, которые захватили его в 1535 г. Однако уже в 1547 г. турки-османы захватили крепости Ахалкалак и Ахалцихе, а впоследствии, в 1637 г. основали на территории Джавахка Ахалцихский элайет, впоследствии отдельный санджак (провинцию).

Джавахк издревле был населен армянами, о чем свидетельствуют как армянские, так и грузинские, арабские, турецкие и другие источники. По данным грузинского источника Леонти Мровели, в начале IV в., во время распространения христианства святой Нуне (грузинской Нино), разговорным языком населения Джавахка был армянский. По сведениям турецких налоговых реестров XVI – XVIII вв., в населенных пунктах Джавахка и прилегающих районов в основном проживали армяне. Об этом также пишут грузинский автор Вагушти Багратиони, член конгрегации мхитаристов Гукас Инчичян и другие.
Однако установление турецкого владычества оказало значительное влияние на этнический состав Джавахка. Постепенно христианское население края, и в первую очередь армянское уменьшалось, а вместо этого увеличивалось количество мусульманского населения, в основном за счет лазов и черкесов. К концу XVIII в. Джавахк потерял значительную часть своего коренного армянского населения, часть которого переселилась в другие края, а часть была просто уничтожена. Турецкие власти значительно укрепили Ахалкалакскую и Ахалцихскую крепости, на территории Джавахка был создан Ахалцихский пашалык, являющийся важным форпостом на северо-восточных границах Османской империи.

Новый этап в многовековой истории Джавахка связан с началом установления господства на Кавказе Российской империи. В 1807 и 1810 гг. русские войска дважды осаждали Ахалцихскую крепость, считавшуюся в то время самой непреступной турецкой крепостью в Передней Азии, но безуспешно. Однако 8 декабря 1811 г. малочисленный отряд русских войск под командованием генерала Котляревского, совершив тяжелый переход в зимних условиях, внезапной ночной атакой захватил Ахалкалакскую крепость. Но в 1812 г., по условиям Бухарестского мирного договора с Турцией, Россия была вынуждена вернуть ей Ахалкалакскую крепость.

С целью оживления экономической жизни опустошенной исторической армянской Лорийской области, до этого входившей в состав Восточной Грузии и вместе с ней в 1801 г. вошедшей в состав России, российские военные власти в начале XIX в. не раз организовывали депортации армянского населения из соседних регионов, принадлежащих Турции и Персии.

В результате таких действий территории Ереванского ханства, Ахалцихского (в состав которого входила и территория исторического Джавахка) и Карского пашалыков лишились части своего коренного армянского населения. Только в ноябре 1810 г., после неудачной осады Ахалцихской крепости, русский главнокомандующий генерал Тормасов насильственно переселил оттуда 1500 свыше христианских семей со всем своим движимым имуществом в Лори и окрестности Тифлиса, не обеспечив их необходимыми средствами, в результате чего многие семьи погибли или рассеялись. Сам Тормасов писал царю, что он так разорил этот край, что врагу понадобится долгое время для его заселения и экономического восстановления.

Во время русско-турецкой войны 1828-1829 гг. русские войска под командованием И.Ф.Паскевича 24 июля 1828 г. вновь захватили Ахалкалакскую крепость и подошли к стенам Ахалциха. Русским войскам предстояло штурмовать самую сильную турецкую крепость на восточных рубежах Османской империи, гарнизон и мусульманское население которого состояли, по свидетельству современников, из
наиболее воинственных жителей Турции. Однако русские войска, в результате решительного и кровопролитного штурма 16 августа 1828 г. захватили Ахалцихскую крепость. Это имело огромное значение для всего дальнейшего хода войны.

Согласно Адрианопольскому мирному договору, заключенному 2 сентября 1829 г., Ахалкалак и Ахалцих вошли в состав Российской империи. Кроме этого, всоответствии с этим договором, в 1830-1831 гг. из Эрзерума, Ардагана и других районов Западной Армении в Джавахк переселилось большое количество армян во главе со своим духовным предводителем архиепископом Карапетом Багратуни. В результате была восстановлена численность армянского населения Джавахка, которое в результате бесконечных войн значительно сократилось.
Наряду с местными 1716 семействами (около 10-11 тыс. человек) армян, 639 семействами мусульман и 179 семействами грузин, здесь поселилось около 58 тысяч армян из Западной Армении. По желанию императора Николая I, фельдмаршал И.Ф.Паскевич решил поселить их на территории бывшего Ахалцихского пашалыка, чтобы, как указывал ему император, армянское население несло охрану данного края по примеру казачьих военных поселений в других районах России. А на месте бывшей турецкой крепости был разбит русский военный лагерь – прообраз современной российской базы. Нынешняя Ахалкалакская 62-я база, как и расположенная по соседству старая турецкая крепость – свидетели и символы покорения Россией Закавказья. Армяне Джавахка оказали значительную помощь российским войскам в ходе всех последующих русско-турецких войн XIX в., а также в период Первой мировой войны. Армянское население Джавахка являлось верным оплотом российских военных властей и во время антироссийских выступлений грузинского населения Кавказа, как это было, например, во время крупного восстания в Гурии в 1841 г. За почти два века, всего лишь в течение неполных 3 лет (с 1918 по 1921 гг.) в Ахалкалаки не находилось подразделений российских/советских войск и целые поколения ахалкалакцев выросли с чувством того, что военная база является частью их жизни, истории и гарантией их безопасности.

Присоединение Джавахка к России имело большое значение для нормальной жизни и деятельности армянского населения края. Край стал одним из центров торговли и ремесленничества на Кавказе, усилиями Карапета Багратуни была открыта известная школа Месропян. В Джавахке родились и выросли многие видные сыны армянского народа – писатели Дереник Демирчян и Ваан Терьян, первый ректор Ереванского университета Акоп Манандян, военный министр I Республики Армения Рубен Тер-Минасян и многие другие. Из четырех премьер-министров Республики Армения двое – Ованес Качазнуни и Амо Огаджанян, также были родом из Ахалкалака.

После революции 1917 г. и распада Российской империи в истории Джавахка, как и всего региона, начался новый этап, полный испытаний и трагедий. Русские войска, ведущие боевые действия на Кавказском фронте первой мировой войны, начали стихийно покидать боевые позиции, что позволило турецким войскам перейти в наступление на всем протяжении фронта. Малочисленные армянские войска оказались не в состоянии противостоять наступлению турецких войск.
В мае 1918 г. турецкие войска, преодолев сопротивление немногочисленных армянских отрядов самообороны, захватили Джавахк. Десятки тысяч армян Джавахка, в основном из Ахалкалака и окрестных сел, в памяти которых были еще свежи воспоминания о геноциде армян 1915 г. в Османской империи, спасаясь от наступления турецких войск, попытались найти убежище на территории Грузии. Однако правительство Грузинской Демократической Республики, созданной в конце мая 1918 г., отдало приказ своим войскам под командованием генерала Арджеванидзе невпускать армянских беженцев на свою территорию, тем самым обрекая их на гибель от холода и голода. Большая часть беженцев из Ахалкалаки была вынуждена обосноваться в лесах в районах Цалки, Боржома и Бакуриана, к северу от Ахалкалака. К началу весны 1919 г. в результате турецкого вторжения, голода, холода и болезней погибло около 40 тыс. армянских беженцев из Ахалкалака и окрестных сел.

Сразу же после своего образования, грузинское правительство выдвинуло свои претензии на населенные армянами области Джавахка, как впрочем и на некоторые другие области Северо-Восточной Армении, что привело в конце 1918 г. к армяно-грузинской войне, которая началось после того, как Турция вывела свои войска с территории Джавахка и Лори. Армянские войска со стороны Александрополя вступили на территорию Джавахка и начали успешно продвигаться вперед. Однако вскоре военные действия были прекращены и в результате Грузия, при поддержке держав Антанты, установила свою власть в Джавахке. Грузинские власти установили в Джавахке режим военной диктатуры, начался процесс принудительного заселения края грузинскими переселенцами из внутренних районов Грузии.

В феврале 1921 г. в Джавахк опять вторглись турецкие войска. Грузинские войска, как и в 1918 г., вновь не оказали никакой помощи армянскому населению края, вынужденному своими силами противостоять турецким войскам. В результате вторжения турецких войск, голода и болезней только в Ахалкалакском районе в 1918-1921 гг. погибло около 50% армянского населения.

После установления советской власти в Армении и Грузии, вновь был поднят вопрос о принадлежности Джавахка. Подавляющее большинство населения края, и в первую очередь Ахалкалакского района, выступало за присоединение края к Советской Армении.
Вопрос о принадлежности Ахалкалакского района был решен на пленуме КавбюроВКП(б) 7 июля 1921 г. и был передан на рассмотрение ЦККП Грузии. Нетрудно догадаться, что ЦККП Грузии однозначно высказался за передачу Ахалкалакского района Советской Грузии.
По «случайному» совпадению событий, 5 июля 1921 г. на заседании того же Кавбюро ВКП(б) было принято решение о передаче другой исторической армянской области – Нагорного Карабаха, в состав Советского Азербайджана.